Elektronická fakturace (e-fakturace) znamená vystavování a přijímání faktur v elektronické podobě místo papírové. Oproti PDF zasílanému e-mailem jde o strukturovaná data, která účetní systém načte automaticky, bez ručního přepisování.
V České republice se jako standard pro elektronickou fakturaci používá formát ISDOC. Na úrovni EU se prosazuje formát UBL (Universal Business Language).
Při e-fakturaci odpadá tisk i poštovné a doklad se archivuje rovnou v digitální podobě. Účetní systémy jako Pohoda, Money S3 nebo ABRA Flexi umí ISDOC soubory importovat přímo do knihy přijatých nebo vydaných faktur.
Ne všichni dodavatelé zatím e-faktury vystavují. Aplikace Čtení Faktur tento problém řeší: převede PDF fakturu nebo sken do formátu ISDOC, takže doklady od libovolného dodavatele zpracujete automaticky.