Elektronická fakturace (e-fakturace) znamená vystavování a přijímání faktur v elektronické podobě místo papírové. Oproti PDF zasílanému e-mailem jde o strukturovaná data, která účetní systém zpracuje automaticky bez zásahu člověka.
V České republice se jako standard pro elektronickou fakturaci používá formát ISDOC. Na úrovni EU se prosazuje formát UBL (Universal Business Language).
Hlavní výhody e-fakturace: rychlejší zpracování dokladů, nižší chybovost, úspora nákladů na tisk a poštovné, jednodušší archivace. Účetní systémy jako Pohoda, Money S3 nebo ABRA FlexiBee umí ISDOC soubory importovat přímo do knihy přijatých nebo vydaných faktur.
Ne všichni dodavatelé zatím e-faktury vystavují. Aplikace Čtení Faktur tento problém řeší: převede PDF fakturu nebo sken do formátu ISDOC, takže doklady od libovolného dodavatele zpracujete automaticky.